このサイトを例にとると、
左の二列のいろんなものが入ってるところは全てPHP化して別の部品になりました。なので再構築の際にここはPHPを呼び出すための

<?php include("/virtual/(ユーザ名)/public_html/mt/ファイル名.php"); ?>

という一行になるだけです。
これによって、サイドのソースがなくなります。なお、PHPはサーバで処理されるものなので、皆さんには普通にソースが見えるだけで、上の行は見えません。
んで、ソースを見ていただければわかるんですが、左の列がなくなると、すごく軽くなります。（ソースのコメントアウトして「サイド」って書いてるとこですね。）

実は、このサイドのPHPにもほかのPHPを入れ子にしてます。具体的には、サイドの中のいろんな細かいところがそうなっています。info とか 音ログのとことか。

なので、それらも個別に再構築していけるわけで、修正が本当に楽になるわけですね･･･

んで、やり方についてはいろんなところで解説があるので省略しますね

まあ、とにかく、MTは肥大化していくので、肥大化したときにつらくなってしまう、これをかなり軽減してくれるのが、このPHP化、というわけです。すばらしいです。